La fin du v 3 ("ceux qui attendait l'agitation de l'eau") et le v 4 ("car certains moments l'ange du Seigneur .... ") manquent dans de nombreux manuscrits , dont les plus anciens. Des manuscrits de grande valeur, surtout alexandrins, donnent un texte court (sans les versets 3b et 4) ; il est retenu par la TOB.
Bethzatha/Bethesda correspond au nom d'un quartier de Jérusalem situéau nord du Temple, où se trouvait un sanctuaire consacré à Sérapis, Dieu guérisseur.
La réference du v 4 qui indique qu'un ange du Seigneur descendait dans la piscine, souligne peut-être la croyance en des anges guérisseurs où il existait un culte aux dieux guérisseurs, que les autorités juives auraient tenté de légitimer, en faisant intervenir l'ange de Yahvé.
L'indication du nom de l'endroit (Bethzatha/Bethesda) faire ressortir le caractère surprenant de l'intervention de Jésus, qui se déroule dans un lieu entaché de superstition. (Voir les commentaires de la TOB)
Ainsi, Bethesda ne serait ni plus ni moins le « Lourdes » de l’époque.
Jésus ne fait aucun commentaire, ni pour condamner cette superstition, ni pour lui attribuer une origine divine.
Le quatrième évangile mentionne deux piscines, qu'il distingue clairement : celle de Bethzatha/Bethesda (Jn 5,2), et celle de Siloé (Jn 9,7.11). Le récit de guérison de Jn 5,1-9a contient certaines difficultés, pour lesquelles une solution nouvelle est proposée. Il aurait d'abord eu pour cadre la piscine de Siloé et la fête des Tentes indiquée en Jn 7,2. Dans une étape rédactionnelle ultérieure, l'évangéliste l'aurait détaché de ce contexte liturgique et situé plus tôt dans l'évangile. En liant la guérison de l'infirme au sanctuaire païen de Bethzatha, il pouvait montrer en Jésus le véritable Sauveur de toute l'humanité.
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