Bonjour Patoune,
D'une manière très générale, je crois qu'il faut se méfier de la confusion entre étymologie et sémantique (confusion très fréquente dans les publications de la Watchtower).
Ce n'est pas parce qu'un mot a signifié quelque chose à un moment de son histoire qu'il conserve ce sens éternellement: dans un texte du XXIe siècle, "être étonné" ne signifie plus être frappé par le tonnerre, "être énervé" ne signifie plus être ramolli. Ce n'est pas parce que stauros désignait "originellement" un simple pieu qu'il n'évoque pas une "croix" à l'époque romaine, etc.
Pour le sens d'ekklèsia dans le N.T., c'est surtout l'usage de ce mot dans la Septante qui est déterminant. Or l'ekklèsia kuriou c'est la traduction de l'hébreu qhl Yhwh, "l'assemblée de Yhwh", qui, en particulier dans les textes "deutéronomistes", représente l'assemblée du peuple, notamment dans les contextes cultuels... c.-à-d. "tout Israël", avec ou sans les "étrangers" selon les textes. L'idée de "séparation", si elle n'est pas formellement évoquée dans le contexte, ne peut être déduite du seul usage du mot ekklèsia.